Να αποσύρει το νομοσχέδιο για την ταυτότητα φύλου ζήτησε από την κυβέρνηση η Ιερά Σύνοδος της Εκκλησίας της Ελλάδος υποστηρίζοντας ότι το φύλο «δεν είναι επιλέξιμο, αλλά ως δώρο αποτελεί θείο χάρισμα στον άνθρωπο».
Σε μια ευθεία πολιτική παρέμβαση λίγες μέρες πριν από την ψήφιση του νομοσχεδίου, η Ιερά Σύνοδος ισχυρίστηκε πως το νομοσχέδιο «προκαλεί το αίσθημα της κοινωνίας, τορπιλίζει τον ιερό θεσμό της οικογένειας, έρχεται σε αντίθεση με τα χρηστά ήθη και την κοινή λογική και κυρίως καταστρέφει τον άνθρωπο», βλέποντας πίσω από αυτό «ισχυρές ομάδες».
Η Ιερά Σύνοδος υποστήριξε ότι το νομοσχέδιο «αντί να λιγοστεύει τη σύγχυση και τις ψυχικές διαταραχές, θα τις αυξήσει και θα δώσει διαστάσεις επικίνδυνου κοινωνικού φαινομένου» εκτιμώντας ότι η δυνατότητα διόρθωσης φύλου κι από μαθητές «δημιουργεί εκρηκτική κατάσταση και στα σχολεία».
Η Ιερά Σύνοδος εκτίμησε ότι η νομολογία των δικαστηρίων καλύπτει τα υφιστάμενα προβλήματα υποστηρίζοντας ότι «το φύλο ούτε επιλέγεται ελεύθερα ούτε και μεταβάλλεται κατά βούλησιν», ενώ πρόσθεσε ότι «ο νόμος δεν μπορεί να αρκείται απλώς στην επιστημονικά ατεκμηρίωτη δήλωση του πολίτη, που ενδεχομένως αργότερα δύναται να μεταβληθεί».
Η Ιερά Σύνοδος κάλεσε τον πολιτικό κόσμο «να αρθεί στο ύψος της ευθύνης και αποστολής του και πέρα από πολιτικά ιδεολογήματα, προκαταλήψεις και την επίκληση του ανεξέλεγκτου δικαιωματισμού». Η Ιερά Σύνοδος ζήτησε ακόμα από τον πολιτικό κόσμο «αντί να ενισχύει την ένταση, τον διχασμό και τον παραλογισμό, να συμβάλει στην πνευματική ανόρθωση των πολιτών μας». Η Ιερά Σύνοδος ισχυρίστηκε επίσης ότι «σε εποχή που η ανάγκη ταυτότητας και συνοχής αποτελεί ανάγκη εθνικής και πνευματικής επιβίωσης, η νομική κατοχύρωση της ρευστότητας της προσωπικής ταυτότητας είναι ό,τι χειρότερο υπάρχει».
Τέλος, ως προς τη στάση της Εκκλησίας απέναντι στα διεμφυλικά άτομα, η Ιερά Σύνοδος υποστήριξε με πατερναλισμό ότι «περιβάλλει με αγάπη και κατανόηση αδιακρίτως όλους τους ανθρώπους, αλλά προσβλέποντας πάντοτε στη σωτηρία τους οφείλει να καταδείξει την αστοχία κρισίμων επιλογών τους».