Το Πατριαρχείο των Ιεροσολύμων αντιμετώπιζε και αντιμετωπίζει, κατά διαστήματα, προβλήματα τόσο σε οικονομικό και σε πολιτικό επίπεδο, όσο και σε κοινωνικό επίπεδο.
Μάλιστα, πολύ έντονα ήταν τα προβλήματα που αντιμετώπιζε το Πατριαρχείο κατά τη θητεία του Πατριάρχη Ειρηναίου (2001-2005), ωστόσο, ακόμα και στις μέρες μας επί Πατριάρχη Θεοφίλου εξακολουθούν να υπάρχουν εντάσεις, τις οποίες προσπαθεί να εξομαλύνει με πολλές προσπάθειες ο ίδιος.
Πιο συγκεκριμένα, ο Πατριάρχης Ειρηναίος είχε κατηγορηθεί για κακοδιαχείριση, καθώς είχε οδηγήσει το Πατριαρχείο Ιεροσολύμων σε πολιτικοοικονομικό σκάνδαλο με σημαντικές διπλωματικές προεκτάσεις.
Κατηγορούταν πως είχε εκποιήσει μυστικά, ακίνητη περιουσία του Πατριαρχείου και είχε φυγαδεύσει σημαντικά χρηματικά ποσά στο εξωτερικό. Μάλιστα, του καταλογίζουν ότι πούλησε και μίσθωσε ακίνητα, που βρίσκονται στην παλιά πόλη και ανήκουν στο Πατριαρχείο.
Οι κατηγορίες αυτές, οδήγησαν την πλειοψηφία της Αγιοταφικής Αδελφότητας να διαγράψει το όνομα του Ειρηναίου από τα Δίπτυχα της Ορθόδοξης Εκκλησίας και να κηρύξει τον Θρόνο του Πατριάρχη σε χηρεία.
Ταυτόχρονα, ο Μητροπολίτης Πέτρας Κορνήλιος ορίστηκε από αυτή τη Σύνοδο του Πατριαρχείου Ιεροσολύμων τοποτηρητής, μέχρι την εκλογή νέου Πατριάρχη.
Από την πλευρά του ο κ. Ειρηναίος εξακολουθούσε να δηλώνει ότι είναι Πατριάρχης και προσπαθούσε να λειτουργεί σε διάφορους ναούς φρουρούμενος από την Ισραηλινή Αστυνομία.
Μετά από αυτή την κρίση επί Ειρηναίου του Α΄, ο Θεόφιλος εξελέγη Πατριάρχης Ιεροσολύμων στις 22 Αυγούστου 2005. Είναι ο πρώτος Πατριάρχης Ιεροσολύμων που εκλέγεται ομόφωνα.
Ο ίδιος, κατά την περίοδο της εκλογής του, είχε δεσμευθεί σε Παλαιστινίους και Ιορδανούς, ότι δεν θα ενοικιάσει άλλα ακίνητα στους Ισραηλινούς και αυτό προφανώς προκάλεσε αντιδράσεις στο ισραηλινό κόσμο.
Έτσι δημιουργήθηκαν εντάσεις με την Κυβέρνηση της Ιορδανίας, η οποία στις 12 Μαΐου 2007 ακύρωσε την αναγνώρισή του Πατριάρχη Θεόφιλου, κατόπιν καταγγελίας του αραβόφωνου ορθόδοξου ποιμνίου του, ότι δεν τηρεί αυτά που υποσχέθηκε πριν την εκλογή του και δεν εκπλήρωσε όλες του τις δεσμεύσεις.
Η κρίση αυτή βέβαια ήταν πρόσκαιρη εκείνη την εποχή, αλλά τα τότε αιτήματα τους εμφανίστηκαν ξανά στο προσκήνιο και τα μετέπειτα χρόνια, μαζί με ορισμένα ζητήματα που εκκρεμούσαν.
Ένα άλλο πρόβλημα που αντιμετωπίζει το Πατριαεχείο Ιεροσολύμων, είναι και ο κίνδυνος να κλείσουν τα σχολεία που βρίσκονται υπό την αιγίδα του, καθώς τα περισσότερα υπολειτουργούν, αφού ούτε προσωπικό έχουν, ούτε χρήματα για να συντηρηθούν.
Η έλλειψη κινήτρων και οι δύσκολες συνθήκες, ιδίως στα σχολεία που διατηρεί το Πατριαρχείο στην Παλαιστίνη, έχουν ως αποτέλεσμα να μειωθεί σημαντικά τον ενδιαφέρον των Ελλήνων εκπαιδευτικών ως προς την απόσπαση τους στα συγκεκριμένα μέρη και ως συνέπεια να μη διδάσκεται η ελληνική γλώσσα στους αραβόφωνους μαθητές που φοιτούν σε αυτά.
Ακόμη, προβλήματα αντιμετωπίζει και η Πατριαρχική Σχολή στο όρος Σιών, αφού και εδώ, ολοένα και λιγοστεύει το ανθρώπινο δυναμικό.
Η σχολή παρέχει εκκλησιαστική παιδεία σε όσους Έλληνες ή ελληνικής καταγωγής νέους αποφασίζουν να ακολουθήσουν τον δρόμο του μοναχισμού και ίσως να αναδειχθούν σε μητροπολίτες.
Τα ανωτέρω προβλήματα που αντιμετωπίζει το Πατριαρχείο Ιεροσολύμων δεν είναι καθόλου ασήμαντα και σίγουρα δυσχεραίνουν το έργο του που είναι να προάγει τον και το πνεύμα της Ελληνορθόδοξης Εκκλησίας.
Λύσεις μπορούν να υπάρξουν τόσο από το ίδιο το Πατριαρχείο, όσο και σε συνδυασμό με το ελληνικό κράτος, λειτουργώντας πάντα με περίσκεψη.
Είναι γνωστό ότι το Πατριαρχείο είναι ένας από τους μεγαλύτερους ιδιοκτήτες γης στο Ισραήλ και στα παλαιστινιακά εδάφη, θα μπορούσε να τα αξιοποιήσει, ώστε να μην εξαρτάται από άλλες δυνάμεις, ούτε να απειλείται η ύπαρξη του.
Σε αυτήν την προσπάθεια θα μπορούσε να συμβάλλει και το ελληνικό κράτος, μέσω του υπουργείου Εξωτερικών, ιδιαίτερα τώρα που οι σχέσεις μας με το Ισραήλ βρίσκονται σε πολύ καλό και προχωρημένο στάδιο και εν όψει της συνεργασίας των δυο χωρών με την Κύπρο για την εκμετάλλευση του κοιτάσματος Λεβιάθαν.
Το ελληνικό κράτος, επίσης, με τη βοήθεια του υπουργείου Παιδείας, θα μπορούσε να δώσει κίνητρα οικονομικά και μη, σε πτυχιούχους ώστε να πηγαίνουν να δουλέψουν στα Ιεροσόλυμα στο αντικείμενο τους, αντί σε άλλες χώρες του εξωτερικού.
Ακόμα και οι Πανεπιστημιακές σχολές Θεολογίας, έχουν τη δυνατότητα να συμβάλλουν σε όλη αυτήν την προσπάθεια, κατευθύνοντας τους νέους που ενδιαφέρονται για το μοναχισμό, στο να στραφούν προς την Πατριαρχική Σχολή για όσο καιρό επιθυμούν, με τον ίδιο τρόπο που λειτουργούν τα προγράμματα Erasmus.
Έτσι, οι φοιτητές με κλίση προς το μοναχισμό, θα ενισχύουν το Πατριαρχείο, αλλά και ταυτόχρονα θα μετέχουν της εκκλησιαστικής παιδείας
Ωστόσο επειδή το Πατριαρχείο Ιεροσολύμων υφίσταται τις συνέπειες των πολιτικών εξελίξεων στο Μεσανατολικό, αναγκάζεται να προσαρμοστεί στα νέα δεδομένα έτσι η απόφαση του Προέδρου Τραμπ να μεταφέρει την Αμερικανική Πρεσβεία στην Ιερουσαλήμ θέτει σε δοκιμασία το Πατριαρχείο.
Έτσι ίσως μπορεί να εξηγηθεί και η πρόσφατη απόφαση του Πατριαρχείου να πωλήσει ακίνητα στους Ισραηλινούς.
Σε κάθε περίπτωση ο επανασχεδιασμός του χάρτη της Εγγύς και Μέσης Ανατολής και η ανακίνηση της Αραβοϊσραηλινής διένεξης (πιθανότατα εκεί ποντάρει ο Τραμπ με την απόφαση του να μεταφέρει την έδρα της Αμερικανικής Πρεσβείας από το Τελ Αβίβ στην Ιερουσαλήμ, να τεθεί δηλαδή και το Παλαιστινιακό στην συνδιάσκεψη ειρήνης για το μέλλον της Συρίας και του Ιράκ) θα έχουν επιπτώσεις και στο Πατριαρχείο, το οποίο θα πρέπει να εξισορροπεί με μεγάλη ευελιξία στις σχέσεις του αραβόφωνου ποιμνίου του με το κράτος του Ισραήλ.
Εδώ θα ήταν αναγκαία και η συνδρομή του Ελληνικού κράτους στο Πατριαρχείο ώστε να μπορεί να εκπληρώνει την αποστολή του, δηλαδή να λειτουργεί ως παράγοντας ειρήνης και πολιτισμού στην περιοχή μιας και η «Μήτηρ πασῶν τῶν Ἐκκλησιῶν», όπως αποκαλείται, είναι σημαντική για την Ορθοδοξία.